В зависимости от исследуемого органа, эндоскопию подразделяют на:

• Риноскопию – исследование носовой полости, а именно исследование слизистой оболочки носовых ходов, оценки их проходимости, отбора материала с изменённых участков слизистой оболочки, обнаружение полипов, опухолей, извлечение инородных предметов;

• Ларингоскопию – исследование полости глотки. Врач исследует структурные особенности связок, хрящей гортани, наличие новообразований. Также динамические процессы, а именно смыкание и размыкание в фазу вдоха и выдоха голосовой щели (что необходимо для постановки диагноза паралич гортани);

• Трахео- и Бронхоскопию – исследование трахеи и бронхиального дерева. Данное исследование даёт возможность оценить состояние верхних отделов дыхательного тракта, отобрать материал на посев, извлечь инородный предмет. Помогает в постановке диагноза коллапс трахеи и дальнейшем стентировании;

• Торакоскопию – исследование грудной полости;

• Лапароскопию – исследование брюшной полости;

• Эзофагогастроскопию – исследование верхних отделов желудочно-кишечного тракта (пищевод, желудок) с возможностью извлечения инородных предметов и отбора материала на исследование (гистологическое, цитологическое, бактериологический посев, исследование на вирусные инфекции и другие).

• Дуаденоскопию – исследование двенадцатиперстной кишки;

• Колоноскопию – исследование толстого отдела кишечника;

• Ректоскопию – исследование прямой кишки;

• Цистоуретроскопию – исследование мочевого пузыря и уретры;

• Кольпоскопию (вагиноскопию) – исследование половой системы самки;

• Артроскопию – исследование, которое даёт возможность оценить состояние структур сустава (хрящевых поверхностей, связочного аппарата, синовиальной оболочки и мениска) при одновременном промывании суставной полости и извлечении «внутрисуставных мышей» при их наличии;

• Ото- и Мерингоскопию – исследование уха, а именно – исследование наружного слухового прохода, барабанной перепонки и барабанного пузыря, состояния барабанной полости (в случае прободения перепонки) и качественное промывание слухового канала.